Keliakiaan liittyvät oireet ovat monenlaisia ja hyvin yksilöllisiä. Tyypillisiä oireita ovat erilaiset suolistovaivat, kuten vatsakipu, ripuli ja löysät ulosteet, vatsan turvotus, suoliston kouristukset ja ilmavaivat. Oireita voivat olla myös pahoinvointi, ruokahaluttomuus ja oksentelu sekä anemia ja väsymys.
Keliakia voi ilmetä myös iholla kutiavana, pienirakkulaisena ihottumana, jolloin on kyse ihokeliakiasta (dermatitis herpetiformis), jonka mielipaikkoja ovat kyynärpäät, polvet, hiuspohja ja pakarat. Lapsella kasvun hidastuminen voi olla oire keliakiasta.
Keliakia voi olla myös olla vähäoireinen, oireeton tai ilmetä muilla kuin tyypillisillä, suolistoperäisillä oireilla. Tällöin oireiden yhdistäminen ruokavalioon ja keliakiaan voi olla ongelmallista.
Yhä useammin keliakia löydetään aikuisiässä nk. epätyypillisten oireiden, suoliston ulkopuolisten oireiden tai liitännäissairauksien tutkimusten yhteydessä.
Tällaisia oireita voivat olla mm. anemia, vitamiinipuutokset, muutokset suun limakalvolla (aftat), pysyvien hampaiden kiillevauriot, osteoporoosi sekä erilaiset keskushermosto- ja niveloireet. Lisäksi gynekologiset ongelmat, esim. lapsettomuus ja toistuvat keskenmenot tai psyykkiset oireet voivat liittyä keliakiaan.